In 1944, na de zege van Franco, verhuizen de 12-jarige Ofelia en haar zwangere moeder naar een landelijk gebied in Noord-Spanje, waar ze bij Ofelia's strenge en keiharde stiefvader Kapitein Vidal komen wonen. Met zijn leger vecht de meedogenloze Vidal tegen de rebellen die in de bossen leven. In deze barre omstandigheden ontmoet Ofelia op een nacht een mysterieuze faun. Deze vertelt haar dat ze eigenlijk een prinses is en dat ze zich kan bewijzen als ze drie belangrijke opdrachten uitvoert.