'Allied' volgt een Britse geheim agent, Max Vatan genaamd, die in 1942 op een gevaarlijke missie wordt gestuurd in Noord-Afrika. Daar ontmoet hij vervolgens een Franse verzetsstrijdster op vijandelijk gebied. Wanneer ze elkaar na een tijdje terug treffen in Londen, brengt de extreme druk van de oorlog hun relatie in gevaar.